ב 17.3.05 נחתם הסכם ארוך טווח לביצוע שינויים מבניים ומתן תוספת תקציב, בין ד"ר אלי אופר, המדען הראשי במשרד התמ"ת לבין אגף התקציבים. בהתאם להסכם, יוגדל בהדרגה בסיס תקציב המדען הראשי, ב- 600 מיליון ש"ח: 300 מיליון ש"ח בשנת 2005, 400 מיליון ש"ח בשנת 2006 ו- 600 ממיליון ש"ח בשנת   2007 ואילך.  

סוכם כי כללי התמיכה בחברות ישונו, זאת במטרה לייעל את אופן ההקצאה ולמקד את התמיכות בפרויקטים מסוכנים בעלי ערך מוסף גבוה במיוחד למשק.

שיעור התמלוגים לחברות גדולות (מחזור מכירות הגדול מ - 100 מיליון $) יועלה מ- 5% ל- 6%. חברות בינוניות (מחזור מכירות בין 70-100 מיליון $) יעבירו תמלוגים בשיעור של 4% במקום 3.5% וחברות קטנות (עד 70 מיליון $) יעבירו תמלוגים בשיעור של 3% בלבד.  כמו כן, בניגוד למצב הנוכחי התמלוגים ייגבו מתוך כלל הפרויקטים הנתמכים ע"י המדע"ר והריבית בגין התמלוגים תועלה לרמה של לייבור + 1%, לעומת לייבור כיום.

שינוי הכללים, יביא לכך שהחברות הבינוניות והגדולות תתמקדנה בהגשת פרויקטים בעלי סיכון טכנולוגי, אשר בהתאם מתאפיינים בערך מוסף גבוה למשק. התמלוגים הנוספים שייגבו בעקבות שינוי הכללים, יועברו לתקציב המדען הראשי וישמשו לתמיכה במחקר ופיתוח.

המדען הראשי, ימשיך לפעול לייעול והפרטת החממות הטכנולוגיות. המשך התהליך יאפשר למדען הראשי למקד את התמיכה בחממות מצליחות, הנהנות מליווי של קרנות הון סיכון המתמחות בהקמה ליווי וחניכה של חברות Seed.