תקציב 2005 של המדען הראשי במשרד המסחר והתעשייה, צפוי לעבור קיצוץ משמעותי ולעמוד על 900 מיליון ש"ח, שהם 50% מתקציב לשכת המדען בשנת 2001. בשנה שעברה תוכנן קיצוץ דומה אשר חלקו בוטל חלקו. סביר להניח כי קיצוץ התקציב ישפיע על היקף ומספר התוכניות שתאושרנה ע"י לשכת המשען השנה.